Née le 27 octobre 1972 de l'union d'un père libanais (décédé d'un cancer en 2004) et d'une mère syrienne, Elissa a été élevée dans la vallée de Bekaa au Liban. Elle a trois frères : Kamel (qui est DJ), Ghassan et Jihad, ainsi que deux sœurs dont l'une, Norma, vit au Canada. Elissa détient une licence en Sciences Politiques de l'université du Liban.
Son premier contact avec le public se fait à l'âge de 16 ans alors qu'elle fait du théâtre. Cette expérience lui donne envie de se tourner vers la chanson. Vers 1992-3, Elissa Khoury participe à l'émission Studio El Fan où elle remporte une médaille d'argent. Suite à cela, elle fait des concerts jusqu'en 1998-9 où elle sort son tout premier album « Baddi Doub » qui se vend à 150 000 exemplaires; succès d'une ampleur colossale. Grâce à son duo avec le célèbre artiste de flamenco français Gerard Ferrer, elle se trouve invitée à participer au Festival International de la Musique en 2000 à Cannes.
Son second projet de l'année 2000 est un duo avec l'artiste Ragheb Alama pour la chanson « Betghib Betrouh ». Sa popularité n'a plus de limites après ce titre qui est inclus dans son second album « W'akherta Ma'ak », lequel se vend à plus de 200 000 exemplaires.
La même année, Elissa Khoury enregistre un autre duo, cette fois-ci en anglais/arabe avec l'artiste Chris DeBurgh. « Lebanese Nights » fut enregistrée à Londres et figure sur l'album 2002 du chanteur « Timing Is Everything ». Pour ce projet, le musicien et compositeur irlandais a spécialement choisi la jeune libanaise.
En Juin 2002, Elissa Khoury sort son 3ème album intitulé « Ayshalak » qui se vend à 2 950 000 exemplaires grâce à son premier single dont le clip fut tourné à Paris sous la direction de Fabrice Begotti. Elissa y figure en robe de Christian Dior ce qui fait de la libanaise la toute première représentante arabe de la marque de haute couture française. « Agmal Ehsas », second single tiré de l'album est également un grand succès et cette année-là, Elissa Khoury remporte le Murex d'Or pour meilleure artiste féminine de l'année pour « Ajmal Ihsas » dont le clip remporte également le prix de meilleur Clip Vidéo Arabe.
Son 4ème album « Ahla Donya », en 2004, est écoulé à plus de 3 400 000 exemplaires; c'est l'un des albums les plus vendus au Moyen-Orient. Cet album marque aussi le début d'Elissa avec la chaîne musicale arabe Rotana. L'album a été élu meilleur album du Monde arabe par le World Music Awards en Août 2005.
Étant l'une des égéries de la marque Pepsi, Elissa Khoury a participé à plusieurs spots publicitaires, notamment au côté de la diva américaine Chrisitina Aguilera en 2006. Cette collaboration entre les deux chanteuses était aussi une façon de promouvoir le tout nouvel album d'Elissa « Bastanak » qui se vend à plus de 3,7 millions d'exemplaires et lui vaut de gagner son second World Music Award en Novembre. Néanmoins, son duo avec Cheb Mami sur la chanson « Haili » remporte, quant à lui, très peu de succès par manque de promotion de la part des deux artistes.
Décembre 2007 voit la sortie du 6ème album d'Elissa « Ayami Beek » et en 2008 il reçoit le prix des meilleures ventes dans le monde arabe et reste classé au top des ventes pendant 6 mois. Son premier single « Betmoun » s'est classé n°1 dès sa sortie, se plaçant comme seconde chanson à jamais avoir accédé au top 20 de la chaîne Rotana en première place.
En 2009, Elissa enregistre un duo avec Fadel Shaker titré « Jowa El Rooh » qui figure sur l'album du chanteur libanais « Ba'da Al Bal ».
Elissa est considérée comme étant une rivale par excellence de chanteuses arabes comme Nancy Ajram, Nawal Zoghbi ou encore Haifa Wehbe. Malgré des rumeurs selon lesquelles Elissa Khoury et Rotana seraient en conflit, la jeune femme signe un nouveau contrat avec la maison de production et sort à la fin de l'année 2009 son 7ème opus «Tsadaq Bmein ». Cet album lui vaut son troisième World Music Award en 2010 pour meilleure vendeuse de l'année au Moyen-Orient.
